Prije nego što počnu kupovati opremu za pročišćavanje vode, proizvođači moraju uzeti u obzir troškove. Početni trošak kupovine EDI ultra-mašina za čistu vodu biće relativno visoka. Zbog strogih tehničkih standarda, cijena mašine nije niska. Međutim, u usporedbi s uobičajenom opremom za izmjenu jona, njeni troškovi su i dalje vrlo visoki. Opšti jon pr-mjenjači se ne mogu proizvoditi kontinuirano, a za regeneraciju je potrebno puno kiseline, lužine, radne snage i vremena. Ovo nije usporedivo sa EDI mašinama sa višim stepenom automatizacije. Ako se mašina za ručnu regeneraciju kolone za jonsku zamenu promeni u potpuno automatsku mašinu za regeneraciju kako bi se postigao nivo automatizacije EDI mašine, pored toga, kako bi se osigurala kontinuirana proizvodnja, dva seta-moraju se koristiti mjenjači. Jedan jetrčanjea druga je pripremljena. Ulaganje je gotovo isto kao u ED mašinu, dok su operativni troškovi jona ex-mjenjač je mnogo veći.
EDI oprema za ultračistu vodu ima prednosti koje tradicionalna tehnologija nema. Kada proizvođači koriste opremu sa izuzetno čistom vodom, oni obično uzimaju u obzir ekonomičnost mašine. Čista voda koja se koristi u industriji započinje proizvodnju sa EDI opremom za ultračistu vodu.